1、发放年终奖的当月工资高于5000元时，年终奖扣税方式为：年终奖*税率-速算扣除数，税率是按年终奖/12作为“应纳税所得额”对应的税率。
2、当月工资低于5000元时，年终奖个人所得税=(年终奖-(5000-月工资))*税率-速算扣除数，税率是按年终奖-(5000-月工资)除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。

拓展资料

《关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发[2005]9号）规定，对于纳税人取得全年一次性奖金，单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税，“先将雇员当月内取得的全年一次性奖金除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数”，再按“确定的适用税率和速算扣除数计算征税”。该办法在一个纳税年度内，对每一个纳税人只允许采用一次。
第一种方法是，年终奖高于（或等于）费用扣除额的计算
按照年终奖缴税规定，个人取得全年一次性奖金且获取奖金当月个人的工资、薪金所得高于(或等于)税法规定的费用扣除额1600元时，计算公式为：
应纳税额=个人当月取得全年一次性奖金×适用税率-速算扣除数，个人当月工资、薪金所得与全年一次性奖金应分别计算缴纳个人所得税。
第二种方法是取得年终奖当月个人工资、薪金所得低于费用扣除额的计算
如果在发放年终一次性奖金的当月，个人工资、薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将年终奖减除“个人当月工资、薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，再确定年终奖的适用税率和速算扣除数。这时的计算公式为：
应纳税额=(个人当月取得年终奖-个人当月工资、薪金所得与费用扣除额的差额)×适用税率-速算扣除数。
第三种方法是年终奖除以12低于1600也要纳税
特别需要强调的是，全年一次性奖金除以12后的余额，低于法定费用扣除额1600元也应该纳税。因为纳税人的费用扣除额在工资中已扣除，用全年奖金除以12，主要是为确定适用税率和速算扣除数，不能作为判断是否纳税的依据。
第四种计算方法是，发放季度奖的计算
根据（国税发[2005]9号）规定，雇员取得除全年一次性奖金以外的其他各种名目奖金，如半年奖、季度奖、加班奖、先进奖、考勤奖等，一律与当月工资、薪金合并，按税法规定缴纳个人所得税。而不能享受纳税人取得全年一次性奖金后，单独作为一个月工资、薪金所得计算缴纳的优惠。因为在一个纳税年度里，对每一个纳税人，该计算办法只允许采用一次。