期末作业基金申请书选择一种有研究价值的基因
黄相森
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2021-12-23 16:07
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2021-12-23 17:32最佳答案
另外,有时疾病易感基因本身表达并无改变,而是通过调控其它基因发挥作用。所以,致病基因的寻找应从多种途径着手。
一孔之见,如有谬误之处,请大家指教。 多谢verygood 兄,我的第一步可能只能做到表达谱的改变这一层次,如果有机会做下去的话,如你所言,应该从各种途径全面考虑。我现在的想法是以表达谱基因芯片技术为核心方法,做出患者和正常人小梁细胞基因表达谱的差异的总体信息,如maxon和你所说,这样可能找到新的致病相关基因,也可能不行,我想着起码是一个方面吧(不知对不对)。 我目前所能考虑的是如何组织自己的思路,来吧这个工作做好。还有几个问题请教:
1.基因文库的建立方法中,比如有一篇文章中选了1118个基因进行研究,通过BLAST,分成了已知基因、已知序列、未知基因等几类,我不明白他们是如何从基因文库(提取细胞全mRNA逆转录来的)中选定的?(还是从别的地方查到的?),我理解好像是直接测序,请问是如何从基因文库中找出(分离)这些基因一一测序的?
2.如何使用BLAST?比如同一文章中所说的已经测定出的1118个小梁细胞的表达谱基因序列我如何能查到?能给我讲解一下吗?太感谢了
有没有注意到一个问题,基因芯片只能检测已知的基因或序列,对于那些未知的则无能为力,一孔之见. Andrew说得不错,不过芯片中的基因数也在随对基因研究的深入而在不断增加。对普通的研究来说,主要的已知通路基本已能包括。 多谢指教。有能回答我上面几个问题的吗?我还是有些不明白,看了一天资料也没有明白。
请问:如果我用一个正常群体的基因表达谱cDNA定做了一个芯片(含已知的1118个基因),在与患者cDNA样品的杂交中发现有一个基因表达下调了或者不表达,其原因是什么呢?是真的没有表达还是别的?
多谢多谢 样本是否一致?比如血细胞,其细胞亚群是否有可比性?
有对照吗? 样本是随机样本,小梁细胞是均一的内皮细胞。至于对照,你指的是阴性对照、阳性对照还是转录的内对照?
小弟所知甚少,低级错误也可能犯,请多多指教。 除去实验和DNA芯片误差外,在与患者cDNA样品的杂交中发现有一个基因表达下调了或者不表达,需要用RT-PCR进行验证。其表达的下调或不表达,可能是受到其上游基因的调控,也可能是基因本身结构有改变,如无义突变可检测到表达的下降。对这些经RT-PCR证实后,应该进行测序,察看这些基因是否有结构的异常。 在天天站长和各位战友的帮助下,我对现在所申请的课题从无知到略懂,终于完成了自然科学基金申请书的写作,在明天,我们的这份凝结着大家的汗水和智慧的申请书就要送出去之前,对各位这几天来的帮助表示诚挚的感谢,尽管这是我第一次写这样的申请,尽管几乎没有中的可能,我还是觉得自己学到了很多东西,也结识了很多好朋友,真诚的感谢给了我这个机会!
我把这份申请的正文部分放在了附件里了,希望感兴趣的朋友可以看一下,提一些宝贵意见,因为我认为这样的一个课题还是很值得去做的,尽管我们可能没有这个机会和能力去做。
再次感谢大家啦!
88411-.doc</A> (76.5k) 恭祝申请成功!! 谢谢天天站长的指教,谢谢各位战友。
近日科研基金开始申报,老板急命申请课题。由于对基础刚刚接触,故请教站长以及各位战友。
1目前收集到一少见的单基因病(癫痫方面),在国内未见临床和基础报道。临床工作,包括留取血样已经完成。
2本病自从98年以来,致病基因得到了定位和克隆,但存在遗传异质性,相同的致病基因的突变位点也不相同。多篇文章发表在nature genetic等权威杂志上。最新的研究显示,仍有其他未知的致病基因。
3合作实验室,有曾经成功的定位和克隆了一例致病基因的经验。
我们申请的目的是致病基因的定位和克隆,并有望发现新的致病基因。
想请教各位:
1在目前仅仅掌握临床资料的情况下,能否提出申请?
2还需要做那一方面的工作?
2如果可以,可能申请失败的原因是什麽?
谢谢各位,急切盼望指教!谢谢 如果是单基因疾病,那要看你收集的家系怎么样了。另一个问题主要是你的临床诊断正确与否。我不是临床的,这个临床诊断事关重大,如果有些是诊断错误或分型有误的,很有可能导致无法discover disease gene 单基因疾病这方面的技术策略已经很成熟,有很多文献可以参考。国内也有多家研究机构在做。 我想研究下某个基因SNP与一种疾病的关联。国外已有报道在2个位点上有联系。那么我是进行RFLP分析,还是用SNP分析? 各位大侠,我最近在做一个X染色体连锁遗传家系的疾病相关基因的定位,现在已用两个位点的MARKER(STR)做了基因组扫描,但是在连锁分析时遇到了困难,我用的是LINKAGE(version 5.1). 我想请教各位在进行连锁分析时,性连锁与常染色体连锁遗传参数设置有何不同?急盼各位予以赐教,不胜感激! 答无事转转 我想研究下某个基因SNP与一种疾病的关联。国外已有报道在2个位点上有联系。那么我是进行RFLP分析,还是用SNP分析?
RFLP是最早期的遗传标记(第一代),随着遗传学的发展和测序片段的不断增多,已出现了第二代、第三代遗传标记。RFLP通过酶切作用进行分析,操作简单,花费不多,但特异性差,有被淘汰的趋势;SNP定位明确,相对花费较大,对其分析可以通过测序、小测序(Snapshot)、荧光探针、SNP芯片等方法。
具体行RFLP分析,还是用SNP分析看你的研究目标和经济实力。 请教verygood,能否介绍一下小测序(snapshot)?
我最近想检测某基因与疾病的关系,外显子较多(20),在其他疾病中已有突变热点(9、11、13、17exon),但我要研究的病未见报道。请问我应对所有外显子测序吗? coldant wrote:
请教verygood,能否介绍一下小测序(snapshot)?
我最近想检测某基因与疾病的关系,外显子较多(20),在其他疾病中已有突变热点(9、11、13、17exon),但我要研究的病未见报道。请问我应对所有外显子测序吗?
Snapshot为小测序反应,其原理简单地说是首先扩增包含SNP在内的一段DNA模板,再对PCR产物进行纯化,加入带有不同荧光的ddNTP和中间探针(所谓中间探针即SNP前20个bp左右寡核苷酸序列,探针与ddNTP按照模板序列结合,因为是ddNTP,其后不能再延伸,而结合的ddNTP反应的就是SNP情况),再纯化一下进行电泳,根据不同的荧光可以判断相应SNP基因型。
该方法适用于对已知SNP等位基因型进行确认,对探针要求不高;但操作步骤多,大规模应用较为困难(采用基于毛细管的测序方法,如ABI3100测序仪系列时,相对工作量小些)。
检测某基因与疾病的关系,外显子较多(20),在其他疾病中已有突变热点(9、11、13、17exon),建议你先研究一下这些位点。当然如果基因序列很短,也可以直接测序,因为目前发现的SNP或mutation毕竟还只有预计值的2%左右。
Good luck 谢谢verygood:)
最近忙着论文答辩的事情。我对于这方面完全是菜鸟,但是老板说要有新意,同学给出了个这样的主意。
目前已经提取DNA,进行基因分型。但是我希望测序进行确定。上面提到的SNAPSHOT是小型测序,我已经确定了突变位点,片段在300bp左右,是否可以全部测序?
另外是全部的样本测序还是就挑选几个杂合子和纯合子测就可以证明?这方面的资料在哪里有介绍?我还是新手:( 无事转转 wrote:
谢谢verygood:)
最近忙着论文答辩的事情。我对于这方面完全是菜鸟,但是老板说要有新意,同学给出了个这样的主意。
目前已经提取DNA,进行基因分型。但是我希望测序进行确定。上面提到的SNAPSHOT是小型测序,我已经确定了突变位点,片段在300bp左右,是否可以全部测序?
另外是全部的样本测序还是就挑选几个杂合子和纯合子测就可以证明?这方面的资料在哪里有介绍?我还是新手:(
如果只是300bp,且标本不多的话,还是直接测序好,因为不仅可以明确已知的SNP基因型,还可能顺带发现一些文献未报道过的,这也就是说所有标本都要测序。
如果只想对已知的那些SNP进行基因分型,你可以采用SNAPSHOT方法,当然亦可以用RFLP,只是特异性差些,所得的条带不一定与目标SNP不同等位基因有关,可能切到染色体其他区域。
这方面到没有一定的资料,我们也是做过以后才逐渐理解的,具体采用何种技术还是因地制宜吧。 verygood wrote
检测某基因与疾病的关系,外显子较多(20),在其他疾病中已有突变热点(9、11、13、17exon),建议你先研究一下这些位点。当然如果基因序列很短,也可以直接测序,因为目前发现的SNP或mutation毕竟还只有预计值的2%左右。
谢谢verygood老师。我研究的基因编码区2930bp,mRNA5084bp,基因全长80kb。本打算直接测序,但病人组18例(石蜡),对照组20例(外周血DNA行吗?),费用可能要6万!!!,所以现在想改成PCR-SSCP加异常条带测序,您看行吗? verygood wrote:
如果只是300bp,且标本不多的话,还是直接测序好,因为不仅可以明确已知的SNP基因型,还可能顺带发现一些文献未报道过的,这也就是说所有标本都要测序。
如果只想对已知的那些SNP进行基因分型,你可以采用SNAPSHOT方法,当然亦可以用RFLP,只是特异性差些,所得的条带不一定与目标SNP不同等位基因有关,可能切到染色体其他区域。
这方面到没有一定的资料,我们也是做过以后才逐渐理解的,具体采用何种技术还是因地制宜吧。
测序以后的结果要分析突变有什么软件检测呢?另外的统计学分析是不是有专门的生物统计学书有相关的介绍?还是就是普通的统计就可以了? To coldant :
对于初步研究,您的方法应该可行。
To 无事转转:
测序以后的结果分析突变主要通过序列比对初筛,可以利用Blast进行。不过确定是否确实为突变需要谨慎,应扩大样本再进行分型研究。 作疾病相关研究,你的case 和control太少了。一般国内期刊好像也要200对200,国外一般性期刊需要400-500对500左右。一流的杂志一般都是至少1000对1000的。由于你经费不足,你不可能作测序,你还是直接选用已知的位点做。因为这个基因跟多种疾病相关,说明这个基因很保守,很有可能跟你所研究的疾病相关,就算没有相关,通过与年龄、性别、该疾病的危险因素综合分析(就是玩数字游戏),一般总能发文章的。
寻找疾病相关基因的SNP,目前主要是直接测序(外周血抽提的DNA,而不是组织),通过对比病人和正常人(无该疾病的人)该基因序列,搜寻SNP。verygood所说的blast,实际上并不适用。
你可对目标SNP所在区域设计一对prime1,使得该SNP位于其中,PCR长度500bp左右。同时在PRIMER1覆盖的区域内,再设计一对PRIMER2。PRIMER2其中一个引物的3‘最后一个碱基必需是与目标SNP所在位点的正常碱基互补,如此,若病人在此位点突变,将导致PRIMER2一对引物不能扩增。另外PRIMER2与PRIMER1至少相距100多bp,PRIMER2产物为200多BP。这样,在一个PCR反应中同时放入这2对引物,就可以得到4个片段(在设计引物时,必须使得这4个片段的长度不同,以便电泳时区别),而含有目标SNP的个体,则只有3个片段,通过电泳,就可以确定是否该个体有突变。
这个方法具体的名称我忘了。希望能对你有所帮组。 maxon wrote:
寻找疾病相关基因的SNP,目前主要是直接测序(外周血抽提的DNA,而不是组织),通过对比病人和正常人(无该疾病的人)该基因序列,搜寻SNP。verygood所说的blast,实际上并不适用。
你可对目标SNP所在区域设计一对prime1,使得该SNP位于其中,PCR长度500bp左右。同时在PRIMER1覆盖的区域内,再设计一对PRIMER2。PRIMER2其中一个引物的3‘最后一个碱基必需是与目标SNP所在位点的正常碱基互补,如此,若病人在此位点突变,将导致PRIMER2一对引物不能扩增。另外PRIMER2与PRIMER1至少相距100多bp,PRIMER2产物为200多BP。这样,在一个PCR反应中同时放入这2对引物,就可以得到4个片段(在设计引物时,必须使得这4个片段的长度不同,以便电泳时区别),而含有目标SNP的个体,则只有3个片段,通过电泳,就可以确定是否该个体有突变。
这个方法具体的名称我忘了。希望能对你有所帮组。
呵呵,我指的是借用blast来方便序列的比对,当然applied biosystems有更好的软件,不过您如未购买相应仪器则很难获得。
至于标本量的多少,确实是越多越好。对于相对危险度为2的致病位点来说,case-control各1000例检测效能才能达到100%,病例数减少则检测效能也随之降低。但对于初步研究,还不清楚该位点是否有研究疾病有关就大规模投入,有可能颗粒无收。
供参考。 今天基康公司建议我直接测序,把样本4个一组形成一个“pool?”来测,节省经费。他们本来的建议是正常和病人各用4例分别形成1个“pool”来找SNP,然后用公司的TAG MAN(一种新技术)大规模检测SNP,但我没有这么多病人标本。所以只好只是测序。
请大侠看看这样好吗?如果我总共25例病人分成6个“pool”测序再分析可以吗?
先谢谢了。 maxon wrote:
寻找疾病相关基因的SNP,目前主要是直接测序(外周血抽提的DNA,而不是组织),通过对比病人和正常人(无该疾病的人)该基因序列,搜寻SNP。verygood所说的blast,实际上并不适用。
你可对目标SNP所在区域设计一对prime1,使得该SNP位于其中,PCR长度500bp左右。同时在PRIMER1覆盖的区域内,再设计一对PRIMER2。PRIMER2其中一个引物的3‘最后一个碱基必需是与目标SNP所在位点的正常碱基互补,如此,若病人在此位点突变,将导致PRIMER2一对引物不能扩增。另外PRIMER2与PRIMER1至少相距100多bp,PRIMER2产物为200多BP。这样,在一个PCR反应中同时放入这2对引物,就可以得到4个片段(在设计引物时,必须使得这4个片段的长度不同,以便电泳时区别),而含有目标SNP的个体,则只有3个片段,通过电泳,就可以确定是否该个体有突变。
这个方法具体的名称我忘了。希望能对你有所帮组。
呵呵,谢谢了。我在相关文献上看到的是设计2个引物(突变和未突变的),另外反义引物相同。正常对照组设计的引物很象你所谈到的PROMER2。我就纳闷为什么这样做? verygood wrote:
To 无事转转:
测序以后的结果分析突变主要通过序列比对初筛,可以利用Blast进行。不过确定是否确实为突变需要谨慎,应扩大样本再进行分型研究。
确定是不可能做出结论,只是提出个展望。测序以后可以用SEQUENCEMAN软件分析,但是后面我想加个RFLP,按照相关文献报道来进行。这样分析起来好象就有更多的数据支持。 coldant wrote:
今天基康公司建议我直接测序,把样本4个一组形成一个“pool?”来测,节省经费。他们本来的建议是正常和病人各用4例分别形成1个“pool”来找SNP,然后用公司的TAG MAN(一种新技术)大规模检测SNP,但我没有这么多病人标本。所以只好只是测序。
请大侠看看这样好吗?如果我总共25例病人分成6个“pool”测序再分析可以吗?
先谢谢了。
呵呵,你也是在基康做吗?他们好象是用探针来检测SNP啊。我听说探针的准确性不如直接测序。不知道他们和你提出的是什么样的建议?:) maxon wrote:
作疾病相关研究,你的case 和control太少了。一般国内期刊好像也要200对200,国外一般性期刊需要400-500对500左右。一流的杂志一般都是至少1000对1000的。由于你经费不足,你不可能作测序,你还是直接选用已知的位点做。因为这个基因跟多种疾病相关,说明这个基因很保守,很有可能跟你所研究的疾病相关,就算没有相关,通过与年龄、性别、该疾病的危险因素综合分析(就是玩数字游戏),一般总能发文章的。
5555555,可是我收集不到这么多的病例呀,经费也有限。
您说的直接做已知位点是什么方法啊?另外您有看过《生物学统计》这样的书吗?听说参照它就可以进行相关的分析了。上海哪个图书馆或是书店有呀? 具体什么方法我忘了。统计学主要就是T检验和X2 多态性分析方法有两大类:
其一,基于家系分析,主要采用连锁不平衡方法。
其二,基于case-control,如maxon所言,主要就是T检验和X2 。但是应注意control是否能代表所抽样的群体。因抽样错误而导致的假阳性结果在早期文献中比比皆是,这已逐渐引起大家的关注。 无事转转wrote:
呵呵,你也是在基康做吗?他们好象是用探针来检测SNP啊。我听说探针的准确性不如直接测序。不知道他们和你提出的是什么样的建议?:)
看样子无事转转做的工作与我的很相似,可以多多交流!
基康公司建议:病人与对照各25例(病人只收集到25例),4例一组形成一个“pool”,PCR扩增所以外显子,直接测序。(节省费用)
申能公司建议:对每个病人进行扩增,直接测序,与genbank比较(不设对照组,费用18000元/10例)
北京鼎国公司:PCR-SSCP,(正常,病人各25例)
请verygood,maxon,无事转转等战友们参谋参谋,哪个可行?
申请斑竹们帮助。 coldant wrote:
看样子无事转转做的工作与我的很相似,可以多多交流!
基康公司建议:病人与对照各25例(病人只收集到25例),4例一组形成一个“pool”,PCR扩增所以外显子,直接测序。(节省费用)
申能公司建议:对每个病人进行扩增,直接测序,与genbank比较(不设对照组,费用18000元/10例)
北京鼎国公司:PCR-SSCP,(正常,病人各25例)
请verygood,maxon,无事转转等战友们参谋参谋,哪个可行?
申请斑竹们帮助。
我病例30,对照12。人家的建议是直接测序。我想测序以后再做个RFLP,因为是要写论文,所以内容不可以少。
其他回答(共7条)
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2021-12-23 17:58 窦连水 客户经理
具有相同黏性末端的DNA会连接在一起。因此用同一种限制酶切割运载体和目的基因,有3种连接方式:目的基因和目的基因连接、目的基因和运载体连接、运载体和运载体连接。 -
2021-12-23 17:52 连伟杰 客户经理
1、登陆国家自然科学基金委的网站,随时关注相关项目的申请动态,确定项目申报的时间,一般自己所在的科研管理部门会有提醒的。
2、首先确认自己是否够条件申请相关的项目。国家自然科学基金资助的是自然科学基础研究和部分应用研究,一般是国内高校和科研单位中的研究人员。海外或者港澳台地区申请是需国内依托单位的。
3、根据自己的职称和年龄确定自己能够申请的类型,如面上项目、青年科学基金等。
4、向自己所依托的单位科研管理部门申请国家自然科学基金项目申报系统的账号和密码,由相关管理人员在自然科学基金信息isis系统中添加本单位项目申请人。
5、登陆自然科学基金网络信息ISIS系统确认自己申请的项目是否需要在线填写还是离线填写。
6、根据提示填写相关的信息,提交项目申请书。确认提交后,打印项目申请书,本人及相关参与人员亲笔签字后,交单位盖章,由单位统一寄送国家基金委。 -
2021-12-23 17:19 赵骆伟 客户经理
光从基因表达谱找有异常表达的基因也不全面。做出来的基因表达谱往往有很多基因存在差异,有的可能是一些下游的免疫生物学反应,有的可能是误差或个体差异(尤其是做的数量少时),剩下的可能才有加以考虑的价值。
另外,有时疾病易感基因本身表达并无改变,而是通过调控其它基因发挥作用。所以,致病基因的寻找应从多种途径着手。
一孔之见,如有谬误之处,请大家指教。 多谢verygood 兄,我的第一步可能只能做到表达谱的改变这一层次,如果有机会做下去的话,如你所言,应该从各种途径全面考虑。我现在的想法是以表达谱基因芯片技术为核心方法,做出患者和正常人小梁细胞基因表达谱的差异的总体信息,如maxon和你所说,这样可能找到新的致病相关基因,也可能不行,我想着起码是一个方面吧(不知对不对)。 我目前所能考虑的是如何组织自己的思路,来吧这个工作做好。还有几个问题请教:
1.基因文库的建立方法中,比如有一篇文章中选了1118个基因进行研究,通过BLAST,分成了已知基因、已知序列、未知基因等几类,我不明白他们是如何从基因文库(提取细胞全mRNA逆转录来的)中选定的?(还是从别的地方查到的?),我理解好像是直接测序,请问是如何从基因文库中找出(分离)这些基因一一测序的?
2.如何使用BLAST?比如同一文章中所说的已经测定出的1118个小梁细胞的表达谱基因序列我如何能查到?能给我讲解一下吗?太感谢了
有没有注意到一个问题,基因芯片只能检测已知的基因或序列,对于那些未知的则无能为力,一孔之见. Andrew说得不错,不过芯片中的基因数也在随对基因研究的深入而在不断增加。对普通的研究来说,主要的已知通路基本已能包括。 多谢指教。有能回答我上面几个问题的吗?我还是有些不明白,看了一天资料也没有明白。
请问:如果我用一个正常群体的基因表达谱cDNA定做了一个芯片(含已知的1118个基因),在与患者cDNA样品的杂交中发现有一个基因表达下调了或者不表达,其原因是什么呢?是真的没有表达还是别的?
多谢多谢 样本是否一致?比如血细胞,其细胞亚群是否有可比性?
有对照吗? 样本是随机样本,小梁细胞是均一的内皮细胞。至于对照,你指的是阴性对照、阳性对照还是转录的内对照?
小弟所知甚少,低级错误也可能犯,请多多指教。 除去实验和DNA芯片误差外,在与患者cDNA样品的杂交中发现有一个基因表达下调了或者不表达,需要用RT-PCR进行验证。其表达的下调或不表达,可能是受到其上游基因的调控,也可能是基因本身结构有改变,如无义突变可检测到表达的下降。对这些经RT-PCR证实后,应该进行测序,察看这些基因是否有结构的异常。 在天天站长和各位战友的帮助下,我对现在所申请的课题从无知到略懂,终于完成了自然科学基金申请书的写作,在明天,我们的这份凝结着大家的汗水和智慧的申请书就要送出去之前,对各位这几天来的帮助表示诚挚的感谢,尽管这是我第一次写这样的申请,尽管几乎没有中的可能,我还是觉得自己学到了很多东西,也结识了很多好朋友,真诚的感谢给了我这个机会!
我把这份申请的正文部分放在了附件里了,希望感兴趣的朋友可以看一下,提一些宝贵意见,因为我认为这样的一个课题还是很值得去做的,尽管我们可能没有这个机会和能力去做。
再次感谢大家啦!
88411-.doc (76.5k) 恭祝申请成功!! 谢谢天天站长的指教,谢谢各位战友。
近日科研基金开始申报,老板急命申请课题。由于对基础刚刚接触,故请教站长以及各位战友。
1目前收集到一少见的单基因病(癫痫方面),在国内未见临床和基础报道。临床工作,包括留取血样已经完成。
2本病自从98年以来,致病基因得到了定位和克隆,但存在遗传异质性,相同的致病基因的突变位点也不相同。多篇文章发表在nature genetic等权威杂志上。最新的研究显示,仍有其他未知的致病基因。
3合作实验室,有曾经成功的定位和克隆了一例致病基因的经验。
我们申请的目的是致病基因的定位和克隆,并有望发现新的致病基因。
想请教各位:
1在目前仅仅掌握临床资料的情况下,能否提出申请?
2还需要做那一方面的工作?
2如果可以,可能申请失败的原因是什麽?
谢谢各位,急切盼望指教!谢谢 如果是单基因疾病,那要看你收集的家系怎么样了。另一个问题主要是你的临床诊断正确与否。我不是临床的,这个临床诊断事关重大,如果有些是诊断错误或分型有误的,很有可能导致无法discover disease gene 单基因疾病这方面的技术策略已经很成熟,有很多文献可以参考。国内也有多家研究机构在做。 我想研究下某个基因SNP与一种疾病的关联。国外已有报道在2个位点上有联系。那么我是进行RFLP分析,还是用SNP分析? 各位大侠,我最近在做一个X染色体连锁遗传家系的疾病相关基因的定位,现在已用两个位点的MARKER(STR)做了基因组扫描,但是在连锁分析时遇到了困难,我用的是LINKAGE(version 5.1). 我想请教各位在进行连锁分析时,性连锁与常染色体连锁遗传参数设置有何不同?急盼各位予以赐教,不胜感激! 答无事转转 我想研究下某个基因SNP与一种疾病的关联。国外已有报道在2个位点上有联系。那么我是进行RFLP分析,还是用SNP分析?
RFLP是最早期的遗传标记(第一代),随着遗传学的发展和测序片段的不断增多,已出现了第二代、第三代遗传标记。RFLP通过酶切作用进行分析,操作简单,花费不多,但特异性差,有被淘汰的趋势;SNP定位明确,相对花费较大,对其分析可以通过测序、小测序(Snapshot)、荧光探针、SNP芯片等方法。
具体行RFLP分析,还是用SNP分析看你的研究目标和经济实力。 请教verygood,能否介绍一下小测序(snapshot)?
我最近想检测某基因与疾病的关系,外显子较多(20),在其他疾病中已有突变热点(9、11、13、17exon),但我要研究的病未见报道。请问我应对所有外显子测序吗? coldant wrote:
请教verygood,能否介绍一下小测序(snapshot)?
我最近想检测某基因与疾病的关系,外显子较多(20),在其他疾病中已有突变热点(9、11、13、17exon),但我要研究的病未见报道。请问我应对所有外显子测序吗?
Snapshot为小测序反应,其原理简单地说是首先扩增包含SNP在内的一段DNA模板,再对PCR产物进行纯化,加入带有不同荧光的ddNTP和中间探针(所谓中间探针即SNP前20个bp左右寡核苷酸序列,探针与ddNTP按照模板序列结合,因为是ddNTP,其后不能再延伸,而结合的ddNTP反应的就是SNP情况),再纯化一下进行电泳,根据不同的荧光可以判断相应SNP基因型。
该方法适用于对已知SNP等位基因型进行确认,对探针要求不高;但操作步骤多,大规模应用较为困难(采用基于毛细管的测序方法,如ABI3100测序仪系列时,相对工作量小些)。
检测某基因与疾病的关系,外显子较多(20),在其他疾病中已有突变热点(9、11、13、17exon),建议你先研究一下这些位点。当然如果基因序列很短,也可以直接测序,因为目前发现的SNP或mutation毕竟还只有预计值的2%左右。
Good luck 谢谢verygood:)
最近忙着论文答辩的事情。我对于这方面完全是菜鸟,但是老板说要有新意,同学给出了个这样的主意。
目前已经提取DNA,进行基因分型。但是我希望测序进行确定。上面提到的SNAPSHOT是小型测序,我已经确定了突变位点,片段在300bp左右,是否可以全部测序?
另外是全部的样本测序还是就挑选几个杂合子和纯合子测就可以证明?这方面的资料在哪里有介绍?我还是新手:( 无事转转 wrote:
谢谢verygood:)
最近忙着论文答辩的事情。我对于这方面完全是菜鸟,但是老板说要有新意,同学给出了个这样的主意。
目前已经提取DNA,进行基因分型。但是我希望测序进行确定。上面提到的SNAPSHOT是小型测序,我已经确定了突变位点,片段在300bp左右,是否可以全部测序?
另外是全部的样本测序还是就挑选几个杂合子和纯合子测就可以证明?这方面的资料在哪里有介绍?我还是新手:(
如果只是300bp,且标本不多的话,还是直接测序好,因为不仅可以明确已知的SNP基因型,还可能顺带发现一些文献未报道过的,这也就是说所有标本都要测序。
如果只想对已知的那些SNP进行基因分型,你可以采用SNAPSHOT方法,当然亦可以用RFLP,只是特异性差些,所得的条带不一定与目标SNP不同等位基因有关,可能切到染色体其他区域。
这方面到没有一定的资料,我们也是做过以后才逐渐理解的,具体采用何种技术还是因地制宜吧。 verygood wrote
检测某基因与疾病的关系,外显子较多(20),在其他疾病中已有突变热点(9、11、13、17exon),建议你先研究一下这些位点。当然如果基因序列很短,也可以直接测序,因为目前发现的SNP或mutation毕竟还只有预计值的2%左右。
谢谢verygood老师。我研究的基因编码区2930bp,mRNA5084bp,基因全长80kb。本打算直接测序,但病人组18例(石蜡),对照组20例(外周血DNA行吗?),费用可能要6万!!!,所以现在想改成PCR-SSCP加异常条带测序,您看行吗? verygood wrote:
如果只是300bp,且标本不多的话,还是直接测序好,因为不仅可以明确已知的SNP基因型,还可能顺带发现一些文献未报道过的,这也就是说所有标本都要测序。
如果只想对已知的那些SNP进行基因分型,你可以采用SNAPSHOT方法,当然亦可以用RFLP,只是特异性差些,所得的条带不一定与目标SNP不同等位基因有关,可能切到染色体其他区域。
这方面到没有一定的资料,我们也是做过以后才逐渐理解的,具体采用何种技术还是因地制宜吧。
测序以后的结果要分析突变有什么软件检测呢?另外的统计学分析是不是有专门的生物统计学书有相关的介绍?还是就是普通的统计就可以了? To coldant :
对于初步研究,您的方法应该可行。
To 无事转转:
测序以后的结果分析突变主要通过序列比对初筛,可以利用Blast进行。不过确定是否确实为突变需要谨慎,应扩大样本再进行分型研究。 作疾病相关研究,你的case 和control太少了。一般国内期刊好像也要200对200,国外一般性期刊需要400-500对500左右。一流的杂志一般都是至少1000对1000的。由于你经费不足,你不可能作测序,你还是直接选用已知的位点做。因为这个基因跟多种疾病相关,说明这个基因很保守,很有可能跟你所研究的疾病相关,就算没有相关,通过与年龄、性别、该疾病的危险因素综合分析(就是玩数字游戏),一般总能发文章的。
寻找疾病相关基因的SNP,目前主要是直接测序(外周血抽提的DNA,而不是组织),通过对比病人和正常人(无该疾病的人)该基因序列,搜寻SNP。verygood所说的blast,实际上并不适用。
你可对目标SNP所在区域设计一对prime1,使得该SNP位于其中,PCR长度500bp左右。同时在PRIMER1覆盖的区域内,再设计一对PRIMER2。PRIMER2其中一个引物的3‘最后一个碱基必需是与目标SNP所在位点的正常碱基互补,如此,若病人在此位点突变,将导致PRIMER2一对引物不能扩增。另外PRIMER2与PRIMER1至少相距100多bp,PRIMER2产物为200多BP。这样,在一个PCR反应中同时放入这2对引物,就可以得到4个片段(在设计引物时,必须使得这4个片段的长度不同,以便电泳时区别),而含有目标SNP的个体,则只有3个片段,通过电泳,就可以确定是否该个体有突变。
这个方法具体的名称我忘了。希望能对你有所帮组。 maxon wrote:
寻找疾病相关基因的SNP,目前主要是直接测序(外周血抽提的DNA,而不是组织),通过对比病人和正常人(无该疾病的人)该基因序列,搜寻SNP。verygood所说的blast,实际上并不适用。
你可对目标SNP所在区域设计一对prime1,使得该SNP位于其中,PCR长度500bp左右。同时在PRIMER1覆盖的区域内,再设计一对PRIMER2。PRIMER2其中一个引物的3‘最后一个碱基必需是与目标SNP所在位点的正常碱基互补,如此,若病人在此位点突变,将导致PRIMER2一对引物不能扩增。另外PRIMER2与PRIMER1至少相距100多bp,PRIMER2产物为200多BP。这样,在一个PCR反应中同时放入这2对引物,就可以得到4个片段(在设计引物时,必须使得这4个片段的长度不同,以便电泳时区别),而含有目标SNP的个体,则只有3个片段,通过电泳,就可以确定是否该个体有突变。
这个方法具体的名称我忘了。希望能对你有所帮组。
呵呵,我指的是借用blast来方便序列的比对,当然applied biosystems有更好的软件,不过您如未购买相应仪器则很难获得。
至于标本量的多少,确实是越多越好。对于相对危险度为2的致病位点来说,case-control各1000例检测效能才能达到100%,病例数减少则检测效能也随之降低。但对于初步研究,还不清楚该位点是否有研究疾病有关就大规模投入,有可能颗粒无收。
供参考。 今天基康公司建议我直接测序,把样本4个一组形成一个“pool?”来测,节省经费。他们本来的建议是正常和病人各用4例分别形成1个“pool”来找SNP,然后用公司的TAG MAN(一种新技术)大规模检测SNP,但我没有这么多病人标本。所以只好只是测序。
请大侠看看这样好吗?如果我总共25例病人分成6个“pool”测序再分析可以吗?
先谢谢了。 maxon wrote:
寻找疾病相关基因的SNP,目前主要是直接测序(外周血抽提的DNA,而不是组织),通过对比病人和正常人(无该疾病的人)该基因序列,搜寻SNP。verygood所说的blast,实际上并不适用。
你可对目标SNP所在区域设计一对prime1,使得该SNP位于其中,PCR长度500bp左右。同时在PRIMER1覆盖的区域内,再设计一对PRIMER2。PRIMER2其中一个引物的3‘最后一个碱基必需是与目标SNP所在位点的正常碱基互补,如此,若病人在此位点突变,将导致PRIMER2一对引物不能扩增。另外PRIMER2与PRIMER1至少相距100多bp,PRIMER2产物为200多BP。这样,在一个PCR反应中同时放入这2对引物,就可以得到4个片段(在设计引物时,必须使得这4个片段的长度不同,以便电泳时区别),而含有目标SNP的个体,则只有3个片段,通过电泳,就可以确定是否该个体有突变。
这个方法具体的名称我忘了。希望能对你有所帮组。
呵呵,谢谢了。我在相关文献上看到的是设计2个引物(突变和未突变的),另外反义引物相同。正常对照组设计的引物很象你所谈到的PROMER2。我就纳闷为什么这样做? verygood wrote:
To 无事转转:
测序以后的结果分析突变主要通过序列比对初筛,可以利用Blast进行。不过确定是否确实为突变需要谨慎,应扩大样本再进行分型研究。
确定是不可能做出结论,只是提出个展望。测序以后可以用SEQUENCEMAN软件分析,但是后面我想加个RFLP,按照相关文献报道来进行。这样分析起来好象就有更多的数据支持。 coldant wrote:
今天基康公司建议我直接测序,把样本4个一组形成一个“pool?”来测,节省经费。他们本来的建议是正常和病人各用4例分别形成1个“pool”来找SNP,然后用公司的TAG MAN(一种新技术)大规模检测SNP,但我没有这么多病人标本。所以只好只是测序。
请大侠看看这样好吗?如果我总共25例病人分成6个“pool”测序再分析可以吗?
先谢谢了。
呵呵,你也是在基康做吗?他们好象是用探针来检测SNP啊。我听说探针的准确性不如直接测序。不知道他们和你提出的是什么样的建议?:) maxon wrote:
作疾病相关研究,你的case 和control太少了。一般国内期刊好像也要200对200,国外一般性期刊需要400-500对500左右。一流的杂志一般都是至少1000对1000的。由于你经费不足,你不可能作测序,你还是直接选用已知的位点做。因为这个基因跟多种疾病相关,说明这个基因很保守,很有可能跟你所研究的疾病相关,就算没有相关,通过与年龄、性别、该疾病的危险因素综合分析(就是玩数字游戏),一般总能发文章的。
5555555,可是我收集不到这么多的病例呀,经费也有限。
您说的直接做已知位点是什么方法啊?另外您有看过《生物学统计》这样的书吗?听说参照它就可以进行相关的分析了。上海哪个图书馆或是书店有呀? 具体什么方法我忘了。统计学主要就是T检验和X2 多态性分析方法有两大类:
其一,基于家系分析,主要采用连锁不平衡方法。
其二,基于case-control,如maxon所言,主要就是T检验和X2 。但是应注意control是否能代表所抽样的群体。因抽样错误而导致的假阳性结果在早期文献中比比皆是,这已逐渐引起大家的关注。 无事转转wrote:
呵呵,你也是在基康做吗?他们好象是用探针来检测SNP啊。我听说探针的准确性不如直接测序。不知道他们和你提出的是什么样的建议?:)
看样子无事转转做的工作与我的很相似,可以多多交流!
基康公司建议:病人与对照各25例(病人只收集到25例),4例一组形成一个“pool”,PCR扩增所以外显子,直接测序。(节省费用)
申能公司建议:对每个病人进行扩增,直接测序,与genbank比较(不设对照组,费用18000元/10例)
北京鼎国公司:PCR-SSCP,(正常,病人各25例)
请verygood,maxon,无事转转等战友们参谋参谋,哪个可行?
申请斑竹们帮助。 coldant wrote:
看样子无事转转做的工作与我的很相似,可以多多交流!
基康公司建议:病人与对照各25例(病人只收集到25例),4例一组形成一个“pool”,PCR扩增所以外显子,直接测序。(节省费用)
申能公司建议:对每个病人进行扩增,直接测序,与genbank比较(不设对照组,费用18000元/10例)
北京鼎国公司:PCR-SSCP,(正常,病人各25例)
请verygood,maxon,无事转转等战友们参谋参谋,哪个可行?
申请斑竹们帮助。
我病例30,对照12。人家的建议是直接测序。我想测序以后再做个RFLP,因为是要写论文,所以内容不可以少。 -
2021-12-23 17:09 黄益泉 客户经理
我们对基金申请科研立项课题的可行性评估时,既要考虑到课题本身的科学性与创新性,还要考虑到申请者的研究能力与基础设施,评估时要依照下列几个条件,作好综合分析。
1.立题的科学性首先要看申请者立题的科学依据,对国内、外情况分析及掌握国内、外动态是否十分清楚,以及该项课题研究目的及其科学意义是否十分明确。科研课题的提出如缺乏科学性或者立题依据不充分,就失去了研究的意义,也更谈不到可行性的问题。
2.研究水平的估计申请者在文献复习以后,对国内、外研究水平应有明确的分析与了解。结合自己所提出的课题,可以看出是否达到国际水平或处于国内领先水
平;有无创新之处,与国内其他单位研究的重复性是否过多。如果一个课题有创新特点又处于国内领先水平,就可增加在申请科研基金中的竞争性。要是一个课题与
他人重复较多,没有新的见解,处于低水平重复的状态,在评审中就完全失去了竞争性。因此,对自己申报课题进行研究水平的比较,在可行性的评估中也是非常重
要的。
3.技术路线可行性分析在计划书中的实施方案必须要明确、具体,然后在方案实施中的技术路线也要清楚,这样就可评估技术路线或研究方法的先进性与可行性。
有部分申请书的实施方案,只提了一些实验技术的名称,如PCR、斑点杂交、Southern印迹杂交、DNA分析、基因克隆等,而在其后面缺乏具体内容,
这样会使评审者认为申请人不了解或不完全了解实验的具体方法和步骤,就这会降低可行性的评估。
4.经费预算及标本数量经费是进行科研工作必不可少的条件,要完成标书中的实施方案必需有确切的经费预算,而且要符合招标单位的额度要求,经费估算过高也
是失败原因之一。再者,样本数量也需要作合理的估计,例如,研究急性心肌梗死需80例患者,但每月平均能收治5!6例,要想一年内完成该项研究工作可行性
就成了问题,这就需要申请者延长研究时间或与他院协作进行研究来完成这项任务。
5.研究技术水平与实验条件申请者已有的研究基础和良好的实验设备条件是完成科研的保证。选择科学手段证实假说,再配合较高的学术水平和技术水平,就会出
色地完成这项研究。如果没有研究工作的积累,实验条件下完善,专业技术水平一般,研究梯队不健全,这样的情况要想完成高质量的课题,就会有很大的困难,可
行性也很低。
综前所述,课题研究的横向联系和纵向深入是促进创新性和效能性转向一致的手段,也是保证可行性的一种途径。对课题可行性的评估,一定要从不同角度进行调查作出评估,以免真正具有创新性的良好课题而不幸夭折。 -
2021-12-23 17:05 龙家铸 客户经理
【分享】有关自然科学基金申报的经验总结, 非常实用!
申报体会一:
一、要抓住一个 “ 新 ” 字
1 、题目要新颖:题目是很关键的东西,要从题目上吸引人,从题目上体现出你研究的 “ 新 ” 来。
( 1 )现在的研究热点。前五年,只要涉及到纳米技术的,国家自然科学基金委全部给予资助,或多或少。分析原因有二:一是这是新出现的,我们国内还是空白,需要从各个方面来加强;二是这方面的标书少,中标率高。
( 2 )别人可能没有听过的名词。 2001 年吧,有个学者的标书是 “ 数字细胞 ” ,一下就把人吸引住了,最后这个课题拿了一百多万;其实就是用仪器记录细胞信号,将细胞内的电活动用数字的形式表现出来了。随后出现了数字外科等等。
提到的这两点是给大家一个启发,在项目的题目上也要下工夫。
2 、内容要新颖:这是标书的关键,要有自己新的 idea 。从研究的内容、研究的方法和技术路线上都要体现新,那就需要申报者多动脑筋,多下工夫。
二、要 “ 勤 ”
1 、勤的第一个方面就是标书要多写,国家级的,省级的都要积极的写。在写的实践过程中不断的提高自己的能力,不要不怕中不了不敢写,也不要因为写了没有中就不写了,只有写了才有机会中,如果不写,是觉得没有机会的。当然这还涉及到一个心理的问题,如果你能完成一份完整的标书,心理上的一个障碍就可能消除。当你再动手开始写的时候你就会说标书我曾经写过,对它的各个步骤不生疏,写起来也就得心应手了,但是这个过程一定要经历。
2 、勤的第二个方面就是早点准备,在上次申报完以后就开始准备下一年度的题目。要给自己足够的时间来写,来检查标书中存在的问题。修改一年的标书和修改一个月的标书的质量是有很大的差距的。
3 、勤的第三个方面就是平时要多做些研究工作,对于自己的实验结果要多总结,多发表文章。因为国家自然基金要看你的工作基础,这个工作基础并不只是你现在有基金项目,而更重要的是看你在你自己的研究领域内长期做的工作是否与本次申报的内容有相关性,研究方向和内容上的相关性,实验方法和技术手段上的相关性。如果在这个学科有许多的文章,那中标机会就大大增加了。
4 、最后就是平时多看杂志、多国家自然科学基金的网站,看大家在研究什么,看往年中了的标书,从别人中了的标书中得到一些启发。
5 、最后一点,就是关注一些新的信息,上 Internet ,多查资料,多关心自己学科的最新动态,多写综述,建立工作基础。
三、申报内容和研究内容的确定
1 、申报内容:自然科学基金包括以下几个方面的资金项目:重点项目和重大项目( 100-500 万元),有子课题和需要项目建议书;杰出青年和海外青年基金( 50 万元左右,青年的定义为当年的 1 月 1 日 不满 35 周岁);面上项目( 20-30 万元左右),包括普通项目和青年基金;社科基金( 10 万元左右)和小项目( 5-7 万元)。我们应该申请那一部分呢?对于前两部分,中标的可能性太小,就是有实力的科研院所也是很难拿到那样的项目的;所以应该着重在后两个项目上。青年基金只属于 35 岁以下的,对于这块,大家每年都报的少,但国家投资又大,所以中标率相对要高。
2 、研究的内容:或叫课题的性质,要正确的定位,基础的要以基础研究研究为主,临床的要以应用基础研究和应用研究为主,公卫的应以基础研究和应用基础研究为主。对我们公卫的来说有一点很重要,就是实验室研究和人群调查想结合,才有可能拿到大的科研项目。单纯是人群调查而没有实验室研究的话,国家自然基金不会支持这方面的课题的。这主要是针对我们预防医学而言的,公卫的许多学科都涉及这个问题,如统计、流病、儿少、环卫、劳卫,涉及到人群调查的,要想办法加上实验研究的内容。当然还有一点,申报公共卫生学科的必须有人群的内容,以后如果没有人群的内容会在初审就被刷下来。
四、人员的配置
对于自己申报时的合作者,在选择的时候应该注意。注意要有梯队,最好是高级职称、中级职称和初级职称(包括在读研究生)相结合。
1 、关于高级职称,一方面他不能同时在国家自然科学基金里有两项在研项目,所以选择高级职称作为自己的合作对象,这点一定要注意。两项包括项目主持人和第一合作者。有些申报者在初审时,由于有些高级职称中已经有两项而被刷下,很可惜的。对于高级职称者主要是理论和技术指导,所以不宜过多。
2 、中级职称,单独申请中标的可能性比较小(需要两位高级职称的推荐,博士学历)。所以高级职称者可以利用他们的有时来和他们合作,一是选择他们成果多的(包括发表文章的数目),对自己的实验梯队和工作组基础是个弥补;二是一般不会冲突,在初审的时候不会象高级职称那样严格,有时候对中级职称的都不审查。
五、仪器设备
整个教研室的可以用,整个院系的可以用,整个学校的都可以写,都是我们可以利用的资源。不要因为一起设备不过关而不敢写,不要因为仪器设备限制了自己的 idea 。只要有思路,其他的仪器设备可以通过用自己学校的资源或者和别的单位合作。
六、写好标书的一些注意事项
1 、关于内容书写的一些问题。立题依据要充分,有说服力,引用的参考文献要支持自己的观点最好能有自己的文章引用;参考文献一般是 10 篇左右,尽可能的新(最好是近 3 年的),能的话写到本年的 9 、 10 月份,自己的关于本课题的文章也不能太多,否则会认为你只是要钱;书写格式要条理清晰,比如说技术路线,最好做出路线图,直接条理,给评委留下好的印象。
2 、资金预算,对于管理费和能源消耗费有明确的规定,不能超过 5% ,对于仪器设备是不资助的,所以不能把买仪器设备写进国家自然基金标书的。如果你连小仪器都买,说明没有科研基础,买大仪器,没有那部分钱给你买大仪器的因为国家自然基金的资助原则是 ⑴ 把握科学前沿,推动 “ 源头创新 ” ; ⑵ 围绕与我国经济社会发展密切相关的领域,解决可持续发展中层次科学问题; ⑶ 充分利用我国的优势和特色(人力资源,比如队列研究和环境基因组等); ⑷ 重视开展形成我过的自主知识产权。
3 、要注意学科间的合作,也就是在成员队伍里最好能有不同学科的人来参与。也就是学科的交叉,容易产生源头的创新,能够出新的成果。
4 、自查自纠。写完了可以过几天在看看 ,不断修改,不要以为写完了就没有事情了。有时候可能当时没有发现,也可能是自己看了杂志或其他资料后觉需要补充,所以上面也提到了要早点准备。
5 、要请教一些内行和外行来看。一是看他们能不能理解了你的标书的意思,因为国家自然基金委的评委可能是外行,不是自己本专业的;二是让他们看看有没有创新,值得不值得研究;三是让他们从他们的专业角度和自己的经验来给自己提点意见和建议。可以请一些年轻的教师,因为他们学的东西比较新,另外他们的思维也比较活跃。多听点意见总不是什么坏处吧。
6 、不要随便丢弃自己没有中标的标书。经过修改和充实以后,第二年还可以再投的,当然也可以投到别的基金项目,如省自然基金、科协的或其他的。
7 、关于工作基础。上面提到了一些,这里的工作基础,不是说申报者一个人的工作基础,而是指整个科研工作组(人员)和整个学校(设备)。这个一定要重视,可以利用参与者的工作基础和学校的资源来弥补自己本身的不足和缺陷。
8 、科学术语要规范。不能因为术语的定义让人一下就看出毛病,让人觉得科学不严谨。
9 、要有耐性。基础研究本来就是持续性和积累性的问题,有人统计,国家自然基金每个人平均 7 年能中标一次。也就是说,你投 7 次才有可能中标一次啊。
七、那些学科比较好申请
一是上面提到的新出现的研究内容,热点内容,二就是一些国家自然基金委重点支持的方向;三是一些国家自然基金委鼓励的项目。
国家自然基金优先资助的领域(与生命科学有关的)有: ⑴ 生命科学体系中的化学过程; ⑵ 脑研究; ⑶ 蛋白质组学; ⑷ 生物多样性和可持续的生态系统; ⑸ 我国人口与健康的基础科学问题; ⑹ 中医药现代化的基础科学问题; ⑺ 重大工程灾害及其防治(如 SARS 等重大的事件,不仅仅是卫生问题,也比如类似于 9.11 ,伊莎贝尔飓风等问题)。
鼓励的领域有: ⑴ 传染病和寄生虫; ⑵ 环境、遗传与社会心理因素; ⑶ 主要环境因素对人群健康影响及其群体易感性和预防; ⑷ 膳食结构和食物成分及其食品质量及健康; ⑸ 性传播疾病的流行病学及防治。
八、关于关系
每年靠关系拿国家自然科学基金的人有,但是那是少数。绝大多数还是靠实力。所以不要因为没有关系而觉得不可能申请到课题。有一点清楚就行了 “ 实力是基础,关系是关键 ” 。没有实力和良好的标书是没有用的。
九、格式
提纲按提供的格式写,并全部保留。正文字用小四,让人看起来舒服。
申报体会二:
对于面上项目的一些个人看法:
• 题目要有新意,吸引人,但要容易懂。
• 立论依据很重要,一般提出项目的背景和当前发展状况,其实这里要给评委一个印象,就是不解决这个问题,无论国外还是国内,甚至人类的损失非常巨大,文字可以有适当的弹性。因为文字多,可以把认为重要的句子字体增粗,下面打点以示关键,同时也减少了评审人的麻烦。
• 参考文献要新,最好是当年的。最好能要引上 Science 、 Nature 、 Annual Reviews 系列杂志的近期文献,增加自己立论依据的权威性。
• 研究目标要精、内容要详细但文字不宜过多,需要解决问题要有难度,但不必写的太具体,否则有时会出现 mission impossible 。研究方法、技术路线、实验方案也不能太具体化,那些有具体实验方案的 “ 实验计划似的 ” 标书,往往容易出漏洞,被给予差评,基本上通不过。
• 研究方法、技术路线、实验方案及可行性分析其实与目标、内容是相似之处,就是把一个问题讲具体了。技术路线如果能用图表示就体现精而有说服力了,一般可以一页。
• 可行性分析除了对本单位的研究实力进行恰当的分析外(可以有一些超前性),最好找一家比自己单位强的合作伙伴,把他们的软硬件条件也加进去,现在的项目越来越看重多单位合作了。
• 创新点就要靠个人发挥了,越前瞻越好,可以体现近期的成果,更要突出深入和延续研究的必要性 。(大家认为这点非常重要)
• 预期结果要考虑对基础和实用双重的价值,如果能够建立一套实物体系那更好了。以发表论文和申请专利结题比较容易。最好突出 SCI 收录杂志的影响因子,给基金委的专家们觉得,您的实力确实不一般。因为最终结题情况,是基金委专家们最关心的事情,他们当然愿意把基金支持能发表高水平文章的人。他们也好向党和人民交待。
• 我感觉关键还是选题要好,如果有多学科交叉,一般都会比较受人青睐。多学科交叉,极容易申请到基金,尤其是青年基金和小额资助项目。
• 评审可能是本专业的,也可能不是,就算是本专业,可能也不懂你的东西,所以写作很重要,要把复杂的事说简单,要吸引评审的眼球,要让一个不懂你专业的人都觉得你的东西很重要,哪怕不懂也值得去尝试。要把复杂的事说简单,但是还不能让评委完全看懂您的东西。要让他们看过之后,感叹您 idea 的精妙,却不太明白您的理论依据,只明白您的实现方法。具体原则是: “ 写出来的理论,有点让别人看不懂 ” 。自然基金的医学部分其实不多,大多的研究经费都给理工专业去了,特别是面上项目,基金委鼓励大家去探索,而不是一定要出个成果,所以思维可以再发散一些,多和非医学专业的联系合作。创造性火化就可能源源不断了。基金申请书写完了,申报的方向和学部也很重要。尽量避重就轻,在竞争不很激烈的领域申请。除非您有充分的把握,认为自己实力确实比竞争对手强很多。
• 注意研读基金申报指南,不要放过细节。每年每个专业领域都有倾斜项目和优先资助方向,这个非常重要!我去年就是按照这个指南,把自己的申请书归到倾斜项目中得到资助的。
• 关于前期工作。前期工作非常重要,但是写基金表的时候,要合理掌握。前期工作,要有已发表的高水平文章,至少 1-2 篇,申请医学领域的基金,有 SCI IF>2 的文章或中华医学系列的文章最佳。与课题关系远一些无所谓,但是千万不能风马牛不相及。最好既相关,又不同。对于没有发表过的内容,尤其是与本课题相关的内容,一定要慎重掌握!不要写的太多,容易泄密,以后自己的文章可能不好发表。另外,如果写的太多,评委会说您的工作做的差不多了,没必要再申请基金了。但是没发表过的前期工作又必不可少,这是证明您课题可行性的一个佐证。不可行的工作,谁会去做啊。
• 注意行使基金委赋予的权利,就是那个回避制度。确实在学术界,有极个别的评委、专家在学术道德方面有些问题。我们尽可能利用回避制度,来进行自我保护。 -
2021-12-23 16:48 连保军 客户经理
人类基因组计划工程重大而复杂,完成整个计划所需的经费堪称天文数字,仅按每个碱基1美元计算,美国就要投入30亿美元。因此,用纳税人30亿美元搞“人类基因组”这一庞大计划,最初在美国争论得相当激烈。
“人类基因组计划”被民众接受的过程,是社会学家、伦理学家、科学家对民众的一场有关基因的科学普及过程。“人类基因组计划”所揭示出的人类最终的奥秘,势必冲击社会、法律、伦理,因此,必须让广大民众有心理准备。
“人类基因组计划”的形成,曾几度彷徨,几度反复,但最后,人类还是选择了它。从历史上说,曾有好几条思路。
“基因论”是“人类基因组计划”的主要思路。不仅疾病与基因有关,人的出生、成长都与基因有关,都与DNA的序列有关。
在策略上,“人类基因组计划”采取的是“基因组学”,正如杜伯克说:既然大家都知道基因的重要性,那我们只有两种选择,一是“零敲碎打”,大家都去“个体作业”,去研究自己“喜欢”的、认为是重要的基因;而另一种选择,则是前所未有地从整体上来搞清人类的整个基因组,集中力量先认识人类的所有基因。
“人类基因组计划”的目标,讨论来讨论去,数易其稿,最终对每一部分都有了具体目标,并要求定质、定量、定时完成。
由于第一辈科学家的呼吁,我国的“人类基因组计划”于1993年开始。这一计划的第一阶段,是国家自然科学基金委员会资助的“重大项目”。这个项目,由著名遗传学家组成顾问委员会,由中青年科学家组成学术专家委员会;还有“中国人基因组多样性委员会”与“社会、法律、伦理委员会”,另有一个小小的秘书处负责国际联系、国内协调与日常事务。
人类只有一个基因组。人类基因组的研究成果应该成为人类共同享有的财富。“人类基因组计划”的最重要特点便是“全球化”。1988年4月,HUGO(国际人类基因组组织)宣告成立。HUGO代表了全世界从事人类基因组研究的科学家,以协调全球范围的人类基因组研究为宗旨,被誉为“人类基因组的联合国”。我国已有40多位科学家加入这一组织。
出于同样的考虑,联合国科教文组织(UNESCO)也于1988年10月成立了“UNESCO人类基因组委员会”。1995年,成立了“国际生物伦理学会”,杨焕明教授为来自中国的代表。UNESCO发表的《关于人类基因组与人类权利的宣言》,成为“人类基因组计划”的“世界宣言”。
-
2021-12-23 16:35 赵风莉 客户经理
包括摘要,正文,都需要突出文章的大的意义和价值,以及这项研究的创新点,而不是平淡无奇!如有人写一种新的人工骨材料修复骨折损伤,结果在摘要中
有一些具体的数据,修复得如何如何。但是在这一细节上,评委不可能如此专业,即使效果再好,通过这些数字,也看不出来的。相反,如果作者告诉本材料与国际
公认的材料对比,结果如何,但是成本低,组织相容性更佳;或目前在骨修复过程中还有哪些未解决的难题,本材料可以解决,这样就完全不同了。都说基金重创
新,创新的第一点就在于选题。但是,不能一味为了图新而脱离自己的根基去申请全新的题目,因为创新和可行性往往是相辅相成的,脱离前期实验的支撑,创新就
只是一个idea,而不是一个完整的研究方案。我的体会是第一次申请的选题必须要结合自己的基础。也就是说只申请自己有基础的。第一次申请建议不要脱离自
己学位论文的工作,应该在学位论文工作基础上,寻找一些新的题目。举个例子,如果你学位论文是做基于语义的图像检索的,那么你可以申请基于语义的Web视
频检索。这样既可以很好地利用已有工作,又有一个好的选题。单纯copy学位论文工作进行申请不是一个好方法。因为你在博士期间必然已经发表了若干论文,
别人早已经了解你的工作了。要想让人眼睛一亮,唯有在学位论文基础上重新选一个相关的题目。
根据实际情况,增加一两种新方法。
如增加这两种热点的新方法,如酵母双杂交,RNAi,慢病毒转载,基因芯片或SNP芯片,三维重建,fMRI或PET,活体荧光成像等等。不能多,一两种就可以了,用来点缀,既表明,我们实在,许多都是有基础的,但是又不落俗套,有创新,有探索!这很能长分的。
立题选择与国家大方向一致的,或是相对前沿的。
要求一定多么前沿是很难的。但是有两点,一是与国家大方向一致,如这两点火的IPS,HIV疫苗,中药指纹图谱,中药复方机理等,这是国家在中长期
发展计划中明确指出支持的。如果是基础研究,要相对前沿一些,或者找一些新的东西做一做。如十几年前NO比较火,结果2002年发现H2S也有类似作用,
结果国内几个实验室专门研究这东西,申请了不少基金。还如内皮素ET是缩血管的,结果发现urotesin作用更强,于是又成功申请到很多基金;如进一步
发现CGRP是强大的舒血管肽,与之相应的几个多肽,只要一经发现,就有些单位专门做这玩意儿,申请标书特容易,一个字,新发现的东西。
需要用几张图进行表示,不能全部文字。一份好的标书,其中的实验流程,课题的假设等,都可以用流程图表示出来,那效果不一样,清晰!这在973标书中体现很好,大量的漂亮图在上面,很好看,很直观。但是自然科学基金标书中,这类图就比较少,一般加上几幅,明显增色!增加和美化过一些图表,结果中标率奇高!
切不可前后矛盾,同时语言至少要通顺。
别小看这东西,许多人做不到这一点,标书一定要请学生多读读,多改改。不行的话看几篇国外的review,将人家的introduction部分翻译一下也好!
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