一、适用的法律法规不一致

个体工商户适用《个体工商户登记管理办法》、个人独资企业适用于《个人独资企业登记管理办法》、有限公司是适用于《公司法》。

二、债务承担不同

创业是一个有风险的事情，在经营的过程中有可能就会赔本甚至负债，个体工商户和个人独资企业是以个人或家庭财产承担无限责任。而有限公司是以出资额为限承担无限责任。

三、分支机构

个体工商户不能设置分支机构，而个人独资企业和有限公司可以设置分支机构，并且可以对外进行投资。

四、纳税方式不同

个体工商户和个人独资企业是缴纳经营所得，适用5%-35%的超额累进税率，缴纳过后剩下的利润就可以自由支配。（经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。个人将其所得对教育、扶贫、济困等公益慈善事业进行捐赠，捐赠额未超过纳税人申报的应纳税所得额百分之三十的部分，可以从其应纳税所得额中扣除；国务院规定对公益慈善事业捐赠实行全额税前扣除的，从其规定。取得经营所得的个人，没有综合所得的，计算其每一纳税年度的应纳税所得额时，应当减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除)

有限公司是缴纳企业所得税适用税率是25%，如果是小微企业可以享受税收优惠政策，100万利润以内按2.5%征收，100-300万利润按10%征收。有限公司的股东要自由支配剩下的利润还需要缴纳20%股东分红的个人所得税。根据公司法，一个自然人只能投资设立一个一人有限责任公司，一人有限责任公司的股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的，应当对公司债务承担连带责任。

综上，我们能了解到个体工商户、个人独资企业、有限公司之间的主要区别。在创业的时候就可以选择出适合自己的市场主体去进行经营。我个人认为可以根据具体的情况来进行选择，一般来说如果业务规模比较大可以选择注册成公司，因为可以设置分支机构，也可以进行对外投资，而且相对来说风险会小一些，毕竟个体工商户和个人独资企业是无限连带责任的。